Die Frankonia Flames wurden im Jahre 2002 aus einer Gruppe von 14 Freunden gegründet, die sich einmal wöchentlich zum gemeinsamen Eishockeyspielen trafen. Der Verein wurde mit seiner Gründung in das Vereinsregister eingetragen und führte fortan die Bezeichnung e.V.. Die in den ersten Jahren ausgetragenen Freundschaftsspiele waren noch nicht von großem Erfolg gekrönt, man musste größtenteils Niederlagen einstecken.

Der große Umbruch innerhalb der Mannschaft fand zur Saison 2008/2009 statt. Die Negativserie hielt zunächst noch an, dennoch wurden vereinsinterne Strukturen geschaffen, die mittelfristig zum Erfolg führen sollten. Teil dieser Strategie war auch die Teilnahme an der damals noch bestehenden Eishockey-Hobbyliga NEHL, in welcher man in der Saison 09/10 den Gewinn der Meisterschaft feiern durfte.

In der Meistersaison wurde das Nachwuchsteam, die Frankonia Flames 1b gegründet und nahm den regelmäßigen Trainingsbetrieb auf. Somit konnten die Flames fortan ihre beiden Mannschaften nach Leistung, Talent und Motivation aufteilen. Diese Struktur gipfelte in zwei weiteren NEHL Meisterschaften. Die Frankonia Flames etablierten sich als eines der erfolgreichsten und spielstärksten Teams im nordbayerischen Hobbyeishockey.

Zur Saison 2012/2013 wurde zusätzlich zu den beiden Herrenmannschaften noch das Damenteam „LadyFlames“ ins Leben gerufen.